Presentation

Biostatistics and Bioinformatics play a key role in biology research with a spectacular development in recent years due to technological advances. This meeting is part of a series of meetings and exchanges between regional teams in bioinformatics and biostatistics. It offers to researchers and engineers the opportunity to present their activity on methodological or technical developments. It gives also the opportunity to biologists to present original results obtained from the application of bioinformatics/biostatistics methods. It follows the events organized in December 2009, March 2011, March 2012, June 2014, june 2015.

We invite all regional teams (academic laboratories and private companies) to submit an abstract. We hope that this meeting will provide the opportunity for students, researchers and engineers from different origins to meet the others, to identify important directions for future research and to facilitate fruitful research collaborations. 

This one-day workshop will consist of two invited lectures, contributed talks and poster presentations. The meeting is opened to mathematicians, physicists, computer scientists and biologists.

This year the meeting will beheld the 2nd of December 2016 at Inra, center of Auzeville.

 

Invited talks

This year, to celebrate the new Occitanie region, we decided to invite speakers from Montpellier.

Thérèse Commes

Equipe et plateforme Bioinformatique et Biomarqueurs (Bio2M), Institut de Recherche en médecine regeneratrice, INSERM U1183

Benchmarks, outils,  applications et services pour le RNA-Seq

Notre équipe est impliquée depuis plusieurs années dans la conception d'outils et de structures de données pour le RNA-Seq. Nous avons récemment développé un pipeline méthodologique pour le benchmark des outils RNA-seq ainsi que des workflows dédiés à la caractérisation de nouveaux ARN (long RNA non-codants et ARN chimériques). Ces pipelines sont principalement utilisés pour la caractérisation et la classification des cancers et la détermination de modèles cellulaires à visée thérapeutiques. En 2016, nous avons créé au CHU de Montpellier, la plateforme Bio2M, afin de proposer aux biologistes des services pour les analyses de données NGS haut-débit. Notre activité est soutenue par la SATT-AxLR dans le cadre d’un projet de valorisation des logiciels et d’un service d’analyses orienté vers  les applications biomédicales.

 Christelle Reynes

Institut de Génomique Fonctionnelle, UMR5203 CNRS - U1191 INSERM - Université de Montpellier

Aspects statistiques de la sélection de variables dans les -omiques (quand les statisticiens rencontrent les biologistes... et discutent)

La sélection de variables, et en particulier la recherche de biomarqueurs, est un problème important en biostatistiques. Ce problème est d'autant plus complexe à gérer pour les données de grande dimension telles que les données -omiques. On peut grossièrement catégoriser les méthodes de sélection de variables en deux groupes : les méthodes univariées et les méthodes multivariées. Après une présentation générale de ces problématiques, nous aborderons le développement d'une nouvelle méthode de sélection univariée mise au point spécifiquement pour repérer les gènes soumis à empreinte parentale. Enfin, nous présenterons l'utilisation des algorithmes génétiques dans le cadre de la recherche d'une signature multivariée.

 

 

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